Vlaková zastávka Protivín je druhou zastávkou ve městě mimo velkého železničního nádraží, kde se setkávají dvě tratě Plzeň – České Budějovice č. 190 a Zdice – Protivín č. 200, zastávka se nachází na pokračování trati do Českých Budějovic. Železniční trať Plzeň hl. n. - České Budějovice (v jízdním řádu pro cestující označená číslem 190) vede z Plzně do Českých Budějovic přes Nezvěstice, Nepomuk, Horažďovice, Strakonice, Ražice, Protivín, Číčenice a Dívčice. Jde o jednokolejnou elektrifikovanou celostátní trať, která je částečně dvoukolejná. Provoz na trati byl zahájen v roce 1868. Elektrifikovaná je od roku 1962 z Plzně do Blovic, v roce 1963 do Horažďovic, v roce 1966 do Strakonic a v roce 1968 byl dodělán i zbytek tratě.
